Согласно подпункту 1 пункта 1 статьи 220 НК РФ при определении размера налоговой базы по НДФЛ налогоплательщик вправе получить имущественный налоговый вычет в суммах, полученных им в налоговом периоде от продажи, в частности, квартир, находившихся в собственности налогоплательщика менее трех лет, но не превышающих в целом 1000000 руб. При продаже квартир, находившихся в собственности налогоплательщика три года и более, имущественный налоговый вычет предоставляется в сумме, полученной им при продаже указанного имущества.

В соответствии с пунктом 2 статьи 220 Налогового кодекса РФ имущественный налоговый вычет предоставляется на основании письменного заявления налогоплательщика при подаче им налоговой декларации в налоговые органы по окончании налогового периода.

На основании пункта 2 статьи 218 ГК РФ в случае смерти гражданина право собственности на принадлежащее ему имущество переходит по наследству к другим лицам в соответствии с завещанием или законом.

Согласно статье 1114 ГК РФ днем открытия наследства является день смерти гражданина.

Принятие наследства осуществляется подачей по месту открытия наследства нотариусу или уполномоченному в соответствии с законом выдавать свидетельства о праве на наследство должностному лицу заявления наследника о принятии наследства либо заявления наследника о выдаче свидетельства о праве на наследство. Об этом сказано в пункте 1 статьи 1153 ГК РФ.

На основании пункта 4 статьи 1152 Гражданского кодекса РФ принятое наследство признается принадлежащим наследнику со дня открытия наследства независимо от времени его фактического принятия, а также независимо от момента государственной регистрации права наследника на наследственное имущество, когда такое право подлежит государственной регистрации.

Свидетельство о праве на наследство по закону или по завещанию является достаточным доказательством наличия и объема прав на наследственное имущество.

Следовательно, право собственности на наследственное имущество возникает у наследника со дня открытия наследства (дня смерти наследодателя) независимо от даты государственной регистрации указанных прав.

Таким образом, срок владения имуществом в данном случае исчисляется с 2001 года, и при продаже квартиры в 2008 году физическое лицо вправе воспользоваться имущественным налоговым вычетом в сумме, полученной при продаже указанного имущества. При этом размер налоговой базы, подлежащей обложению налогом на доходы, будет равен 0.

Согласно пункту 1 статьи 229 НК РФ физические лица, получившие доход от продажи имущества, принадлежавшего им на праве собственности, обязаны представить в налоговый орган по месту своего учета соответствующую налоговую декларацию в срок не позднее 30 апреля года, следующего за истекшим налоговым периодом.

Письмо УФНС РФ по г. Москва от 14.07.2008 № 28-10/066949 «О праве физического лица на имущественный налоговый вычет»